انعقد المؤتمر الإسلامي الثاني لوزراء البيئة في جدة من 13 إلى 15 ديسمبر 2006، ومَثَّلَ المركزَ فيه الدكتور صافاش ألباي، المدير العام.

بعد اعتماد مشروع جدول الأعمال والبرنامج، ناقش المؤتمر مختلف التقارير المدرجة ضمن جدول أعماله إلى جانب عدد من المشاريع المتخصصة مثل الإطار العام فيما يخص إدارة الكوارث الطبيعية، ومشروع إنشاء مركز لمعلومات البيئة، ومشروع إنشاء الشبكة الإسلامية للبيئة، ومشروع إنشاء جهاز إسلامي متخصص للبيئة. وقد ساهم المركز في أعمال المؤتمر بثلاث دراسات تحلل أولاها، بعنوان "الاستدامة البيئية في البلدان الأعضاء بمنظمة المؤتمر الإسلامي"، الآفاق البيئية للبلدان الأعضاء في ضوء البيانات والمعلومات المتاحة ضمن إصدار عام 2005 من مؤشر الاستدامة البيئية الذي تشارك في إعداده جامعتا ييل وكولومبيا إلى جانب المنتدى الاقتصادي العالمي والمفوضية الأوروبية. وتدرس الورقة الثانية الأداء الحالي للبلدان الأعضاء من حيث عدد من القضايا البيئية الأساسية مثل تلوث الهواء، وحماية الأرض، وانبعاثات غازات الدفيئة في ضوء البيانات والمعلومات المتاحة ضمن إصدار عام 2005 من مؤشر الأداء البيئي الرائد لعام 2006 الذي تعده وتنشره مدرسة البيئة بجامعة ييل ومعهد الأرض بجامعة كولومبيا بالتعاون مع المنتدى الاقتصادي العالمي والمفوضية الأوروبية. أما الدراسة الثالثة، فهي تستعرض مخاطر تغير المناخ وانعكاساته ورد الفعل الدولي تجاه ظاهرة الاحترار العالمي مع التركيز على اتفاقية الأمم المتحدة الإطارية المتعلقة بتغير المناخ. وفي ضوء ذلك، تدرس الورقة وضع البلدان الأعضاء في المنظمة من حيث موقفها من الجدل الدائر بهذا الصدد، ووضعها من حيث انبعاثات غازات الدفيئة، وترتيبها من حيث مؤشر تغير المناخ، والانعكاسات الاقتصادية لمصادقتها على بروتوكول كيوتو.

وخلال الجلسة الختامية، أقر الوزراء "وثيقة التزامات جدة بشأن التنمية المستدامة" والتي تؤكد البلدان الأعضاء بموجبها تصميمها على الوفاء بعدد من الالتزامات والتنسيق مع الجهات ذات العلاقة في البلدان الأعضاء بالمنظمة لهذا الغرض. ويُذكر من بين تلك الالتزامات ما يلي: وضع استراتيجية إسلامية مشتركة ومتكاملة لتحقيق التنمية المستدامة، ومكافحة الأمية والفقر والبطالة، وتحسين مستوى معيشة الشعوب الإسلامية، وتحسين وتعميم الخدمات الصحية، وتطوير الخدمات التعليمية ودعم القدرات في مجاليْ التعليم ونقل التكنولوجيا، ودعم مشاركة المرأة والشباب والمجتمع المدني في تحقيق التنمية المستدامة، والمحافظة على الموارد المائية وترشيدها، والمحافظة على التربة والأرض والتنوع الحيوي، والاهتمام بنوعية الهواء والطاقة. وتأثيرات تغير المناخ، وتشجيع الإنتاج والاستهلاك المستدام، وتحديث القوانين الخاصة والحرص على تنفيذها.